(१) आयोगले आफ्नो आय व्ययको लेखा नेपाल सरकारले अपनाएको लेखा प्रणाली बमोजिम राख्नु पर्नेछ।
(२) आयोगको आन्तरिक लेखापरीक्षण आयोगले नियुक्त गरेको लेखापरीक्षकबाट र अन्तिम लेखापरीक्षण महालेखा परीक्षकबाट हुनेछ।
(३) शिक्षा सम्बन्धी विषय हेर्ने नेपाल सरकारको मन्त्रालयले आयोगको आय व्ययको लेखा, तत्सम्बन्धी कागजात र अन्य नगदी तथा जिन्सी जुनसुकै बखत जाँच्न वा जाँच्न लगाउन सक्नेछ।